Türkiye'de bütün üniversite ve yüksekokullar, 6 Kasım 1981 tarih ve 2547 sayılı yasa ile kurulan Yüksek Öğretim Kurulu'na (YÖK) bağlanmıştır. YÖK, yükseköğrenimi düzenleyen, yüksek eğitim kurumlarının çalışmalarına yön veren "Yükseköğretim Kanunu" ile kendisine verilen görev ve yetkiler çerçevesinde özerkliğe ve kamu tüzel kişiliğine sahip bir kuruluştur. YÖK, yüksek öğretim kurumlarının kurulması, geliştirilmesi, ihtiyaç duyulan öğretim elemanlarının yurtiçi ve yurt dışında yetiştirilmesi için kısa ve uzun vadeli planlar hazırlar ve uygulamayı izler. Ayrıca yükseköğretim kurumları arasındaki işbirliği ve koordinasyonu sağlar. YÖK'e Yüksek Öğretim Denetleme Kurulu, ÖSYM ve gerekli planlama, araştırma, geliştirme, değerlendirme, bütçe, yatırım ve koordinasyon çalışmalarıyla ilgili birimler bağlıdır.

Ülkede yükseköğretim konusunda planlanan çalışmaların başında yükseköğretim sisteminin yeniden düzenlenmesi ve yükseköğretimin merkeziyetçi ve bürokratik yapıdan kurtarılması gelmektedir. Bu amaçla üniversite ve fakülte yönetim kurullarının yetkileri artırılarak, kaynak yaratma ve harcama konularında hareket serbestliğinin getirilmesi ve üniversite-sanayi ilişkilerinin en üst düzeye çıkarılması planlanmaktadır. 1998 yılında 5 üniversitede torba bütçe uygulamasına geçilmiştir. YöK'ün üniversitelerarası eşgüdüm kurumu haline getirilmesi, üniversitelerin tam özerkliğe kavuşturulması, öğretim üyesi, araştırma görevlileri ve öğrencilerin üniversite yönetimlerinde temsiline olanak sağlanması için çalışmalar sürdürülmektedir. Ayrıca eğitim-öğretim sistem ve programlarının, uluslararası eğitim sistemi ve standartlarına uygun hale getirilmesi konusuna da büyük önem verilmektedir. üniversitelerin ve araştırma-geliştirme kurumlarının, uluslararası ve ulusal düzeyde bilgi kaynaklarına elekonik ortamda ve hızla erişebilmelerini sağlayacak; bir yandan öğretimle araştırmanın bütünleşmesini, diğer yandan da ortak araştırmayı destekleyecek Ulusal Akademik Ağ ve Bilgi Merkezi'nin hızla tamamlanabilmesi için çalışmalar devam etmektedir. örgün öğretimin yanısıra açıköğretimin de, geniş kitlelerin ihtiyaç duydukları bilgi ve becerileri elde etmelerine imkan verecek esnek bir yapıda geliştirilmesi ve çağdaş eğitim ve iletişim teknolojisinin etkili bir biçimde değerlendirilerek açıköğretimde kalitenin yükseltilmesi çalışmalarına son yıllarda hız verilmiştir.